A parte la biopsia epatica, che è un esame estremamente importante per la diagnosi di cirrosi biliare primitiva, un test altrettanto utile è rappresentato dalla ricerca nel sangue degli anticorpi anti-mitocondriali (AMA), essendo positivi in più del 90% dei casi, soprattutto in casi sospetti con sintomi tipici (prurito, ittero) o segni (aumento della fosfatasi alcalina, aumento degli acidi biliari, aumento della bilirubinemia).