Non vi è alcuna controindicazione relativa ad uno studio diagnostico con risonanza magnetica ed una futura gravidanza, giacchè l'indagine non è basata come la radiologia convenzionale e la TAC sull'impiego di radiazioni ionizzanti, ma su "onde elettromagnetico" equivalenti alle onde radio, che non determinano alcuna modifica strutturale delle molecole.
Anche durante la gravidanza non sono stati dimostrati danni al feto: tuttavia in questa fase viene consigliata solo se indispensabile perchè può causare un incremento della temperatura corporea.