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Milano, 23 nov. (Adnkronos Salute) - Eseguito in Italia "l'esperimento di supercalcolo più complesso mai realizzato al mondo" per identificare nuove terapie contro il coronavirus Sars-CoV-2: 71,6 miliardi di molecole testate su 15 siti attivi del virus, per un totale di 1.074 mld di interazioni, annuncia il consorzio pubblico-privato Exscalate4Cov, supportato dalla Commissione europea e coordinato da Dompé Farmaceutici. La simulazione, effettuata in 60 ore con una capacità di 5 milioni di molecole testate al secondo, ha prodotto oltre 65 TeraByte di dati totali. Si tratta della "generazione di informazione più articolata oggi disponibile" sul patogeno responsabile della pandemia di Covid-19. Tutti i risultati della simulazione saranno condivisi sul portale open science mediate.exscalate4Cov.eu.
In campo, sotto il coordinamento di Dompé - riferisce una nota - la biblioteca molecolare Exscalate, i supercomputer Hpc5 di Eni e Marconi100 di Cineca (81 petaflop di capacità di calcolo), con il software di screening virtuale realizzato e ottimizzato dal Politecnico di Milano e Cineca, e gli analytics di Sas. Come termine di paragone, "la simulazione italiana è più di 300 volte più grande e 500 volte più veloce di quella realizzata negli stati Usa a giugno di quest'anno". I gruppi di ricerca di tutto il mondo possono utilizzare i modelli delle proteine del virus e le librerie chimiche per generare nuove predizioni utilizzando diversi approcci di intelligenza artificiale e di simulazioni di meccanica molecolare. Il consorzio metterà a disposizione dei gruppi di lavoro interessati 10 milioni di ore di calcolo dedicati e l'infrastruttura tecnologica necessaria.
La banca molecolare di Mediate - sottolineano i promotori del progetto - è stata generata tenendo conto delle principali classi di molecole, selezionate per permettere uno sviluppo clinico accelerato. La libreria contiene 10mila farmaci, 400mila prodotti naturali, 70mila nutraceutici, 100 milioni di oligopeptidi, 5 mln di molecole già in commercio a fini di ricerca, e 72 miliardi di molecole 'de novo' facilmente sintetizzabili. Il portale collezionerà le predizioni fatte dai gruppi di ricerca di tutto il mondo (crowdsourcing) e le combinerà in un unico modello, sfruttando le reti neurali e l'intelligenza artificiale messe a disposizione da Sas con lo scopo di "identificare nuovi e più efficaci trattamenti contro Covid-19, nel più breve tempo possibile". Il Comitato scientifico del progetto Mediate è presieduto dal premio Nobel per la Chimica computazionale Arieh Warshel.
La fase 1 dell'iniziativa Exscalate4Cov - con uno screening effettuato su 400mila molecole (farmaci già approvati e prodotti naturali sicuri per l'uomo) e un test specifico per valutare 9mila molecole promettenti - si era conclusa con l'individuazione di una molecola, l'anti-osteoporosi raloxifene, oggi oggetto di un progetto di trial clinico di fase 3 sottoposto e approvato dall'Agenzia italiana del farmaco Aifa. Il file del brevetto è stato depositato il 6 maggio da Dompé farmaceutici, Fraunhofer Institute (Germania) a università di Lovanio (Belgio) al fine di "promuovere l'accesso universale alle cure che ne potranno derivare, così come definito dalle linee guida del consorzio stesso", prosegue la nota.
I dati fin qui generati hanno portato alla realizzazione di 12 articoli peer reviewed ed evidenze derivanti da oltre 20mila esperimenti in vitro. La rivista internazionale 'International Journal of Molecular Sciences' ha dedicato un numero speciale a Exscalate4Cov, finanziato con 3 milioni di euro della Commissione europea attraverso il bando europeo all'interno del progetto Horizon 2020 dedicato all'emergenza coronavirus. Il consorzio è una realtà composta da 18 istituzioni di 7 Paesi europei.
In campo, sotto il coordinamento di Dompé - riferisce una nota - la biblioteca molecolare Exscalate, i supercomputer Hpc5 di Eni e Marconi100 di Cineca (81 petaflop di capacità di calcolo), con il software di screening virtuale realizzato e ottimizzato dal Politecnico di Milano e Cineca, e gli analytics di Sas. Come termine di paragone, "la simulazione italiana è più di 300 volte più grande e 500 volte più veloce di quella realizzata negli stati Usa a giugno di quest'anno". I gruppi di ricerca di tutto il mondo possono utilizzare i modelli delle proteine del virus e le librerie chimiche per generare nuove predizioni utilizzando diversi approcci di intelligenza artificiale e di simulazioni di meccanica molecolare. Il consorzio metterà a disposizione dei gruppi di lavoro interessati 10 milioni di ore di calcolo dedicati e l'infrastruttura tecnologica necessaria.
La banca molecolare di Mediate - sottolineano i promotori del progetto - è stata generata tenendo conto delle principali classi di molecole, selezionate per permettere uno sviluppo clinico accelerato. La libreria contiene 10mila farmaci, 400mila prodotti naturali, 70mila nutraceutici, 100 milioni di oligopeptidi, 5 mln di molecole già in commercio a fini di ricerca, e 72 miliardi di molecole 'de novo' facilmente sintetizzabili. Il portale collezionerà le predizioni fatte dai gruppi di ricerca di tutto il mondo (crowdsourcing) e le combinerà in un unico modello, sfruttando le reti neurali e l'intelligenza artificiale messe a disposizione da Sas con lo scopo di "identificare nuovi e più efficaci trattamenti contro Covid-19, nel più breve tempo possibile". Il Comitato scientifico del progetto Mediate è presieduto dal premio Nobel per la Chimica computazionale Arieh Warshel.
La fase 1 dell'iniziativa Exscalate4Cov - con uno screening effettuato su 400mila molecole (farmaci già approvati e prodotti naturali sicuri per l'uomo) e un test specifico per valutare 9mila molecole promettenti - si era conclusa con l'individuazione di una molecola, l'anti-osteoporosi raloxifene, oggi oggetto di un progetto di trial clinico di fase 3 sottoposto e approvato dall'Agenzia italiana del farmaco Aifa. Il file del brevetto è stato depositato il 6 maggio da Dompé farmaceutici, Fraunhofer Institute (Germania) a università di Lovanio (Belgio) al fine di "promuovere l'accesso universale alle cure che ne potranno derivare, così come definito dalle linee guida del consorzio stesso", prosegue la nota.
I dati fin qui generati hanno portato alla realizzazione di 12 articoli peer reviewed ed evidenze derivanti da oltre 20mila esperimenti in vitro. La rivista internazionale 'International Journal of Molecular Sciences' ha dedicato un numero speciale a Exscalate4Cov, finanziato con 3 milioni di euro della Commissione europea attraverso il bando europeo all'interno del progetto Horizon 2020 dedicato all'emergenza coronavirus. Il consorzio è una realtà composta da 18 istituzioni di 7 Paesi europei.
Ultimo aggiornamento: 23 Novembre 2020
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