Nell'ecocardiogramma transesofageo una sonda che emette ultrasuoni viene fatta passare per la bocca, la faringe (previo anestesia) fino all'esofago. Sfruttando la vicinanza anatomica della parete posteriore del cuore con l'esofago e i minori ostacoli ecotrasmittenti, la sonda fornsice una qualità d'immagine migliore rispetto all'ecocardiogramma transtoracico. Inoltre, questo esame indaga meglio la parte posteriore del cuore. La durata è di circa 20-25 minuti. Il fastidio c’è ma l’esame dura poco ed è necessario collaborazione tra l’operatore e il paziente.