Non esistono particolari rischi o, comunque, maggiori rispetto ad un soggetto con epatite cronica che non presenti le sue problematiche. I rischi della terapia con IFN sono rappresentati da una diminuzione eccessiva di globuli bianchi o di piastrine o di emoglobina. Inoltre è possibile che si sviluppino patologie autoimmuni, in particolare, tiroiditi. Pertanto va frequentemente controllata la tiroidi in corso di terapia antivirale.