Forma di emicrania in cui la comparsa del dolore alla testa è preceduta da sintomi di interessamento del tronco encefalico, come acufeni (sibili intensi, fischi), vertigini, disturbi visivi (lampi o zone buie) e talora anche perdita di coscienza. E' possibile che l'emicrania basilare possa essere trasmessa da un genitore emicranico alla propria prole e possa comparire nel corso dell'infanzia, anticipando la successiva evoluzione verso una condizione di emicrania in età adulta.
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